국방부는 대체와 전환복무제도의 대한 향후 폐지계획을 발표하였다. 대체·전환복무제는 현역복무를 대체 또는 전환하여 병역의 의무를 수행하는 것으로 이 제도 안에는 공중보건의사제도도 포함된다. 대체·전환 복무 인원이 2023년경까지 단계적 감축을 거쳐 폐지되면, 농어촌 지역의 보건의료서비스는 위협받을 것이 자명하다.

한국농촌경제연구원(KREI) 삶의질정책연구센터에서는 대체와 전환제도 폐지가 농어촌 보건의료서비스의 양과 질에 미칠 영향 및 대응방안에 관하여 두 편의 전문가 기고와 한 편의 현장의 소리를 담은 이슈리포트를 발행했다. 공중보건의사제도가 폐지되면 농어촌지역의 보건의료서비스의 질이 저하되고 의료취약지인 농어촌에 심각한 문제가 초래할 것으로 내다보았다. 전문가 기고 내용에 따르면 최경환 대진대 교수(前 한국농촌경제연구원 선임연구원)는 이전부터 감소 추세였던 공중보건의사 자원 확보가 제도 폐지로 인해 더욱 비상상황이 될 것이라고 우려했다. 또한 이종구 교수(서울대 의대 건강사회정책실) 역시 단순 공급 위주의 의사 인력공급 전략을 넘어 의료취약지역인 농어촌에 적합한 인재를 별도로 교육하여 공급해야 한다고 주장하였다. 구체적으로 공중보건장학의사제도를 다시 시행할 것을 제안하고, 농어촌 지역의 공공보건의료 기관과 국립대학병원의 연계방안을 마련할 것을 제안하였다. 더불어 무안군 학송보건진료소의 정인숙 소장은 보건의료서비스의 향상을 위해 보건진료소의 역할 확대에 대한 의견을 제시하였다.

2015년 7월 출범한 삶의질정책연구센터는 농어촌 주민의 삶의 질에 영향을 미치는 제도나 정책 이슈에 대해 관련 전문가와 현장실무자, 주민 등 다양한 계층의 의견을 담는 이슈리포트를 지난해부터 발행하고 있다. 자세한 내용은 농어촌 삶의 질 향상위원회 전문지원기관 홈페이지(rurallife.krei.re.kr)에서 볼 수 있다.